Дед Таджи Усманов — таджикский писатель и журналист, в его честь названа улица и установлен монумент в Худжанде. Прабабушка была одной из первых женщин в Средней Азии, которая сняла паранджу и заявила, что будет работать. В связи с этим у прабабушки отобрали детей. Она очень долго их возвращала, но вернула, будучи при этом уже самостоятельной, работающей женщиной.
Мать, Наджиба Усманова, по первому образованию физик-ядерщик, по второму — психолог, у неё есть своя фирма дизайна одежды Modardesigns. Она шьёт костюмы всей команде Манижи и помогает в создании видеороликов. Родители Манижи в разводе. Отец — врач, с переживанием относился к выбору дочери: «Я родилась в мусульманской семье, где в принципе не принято, чтобы женщина что-то делала, а быть певицей — вообще постыдное дело». Бабушка по профессии психиатр. Именно она поверила в Манижу и сказала, что та должна заниматься музыкой. Фамилию Сангин взяла[когда?] от бабушки. У Манижи пять братьев и сестёр. Одна из сестёр, Муниса Усманова, является корреспондентом «Первого канала» на российском телевидении.
В 1994 году, в ходе гражданской войны в Таджикистане, в дом семьи попал снаряд. Манижа с семьёй переехала в Москву, где позже училась в музыкальной школе по классу фортепиано, из которой через год ушла и стала заниматься у частных педагогов по вокалу. Затем были прослушивания в хоре, где Манижу определили на второй голос во втором составе, что задело её амбиции, и позже она ушла из хора. В 14 лет получила российское гражданство.
Окончила факультет психологии в Российском государственном гуманитарном университете в Москве.